Ο Μανόλης Δρακάκης γεννήθηκε και ολοκλήρωσε τις βασικές του σπουδές στα Χανιά. Σπούδασε Ιστορία στο Ρέθυμνο, στη Φιλοσοφική Σχολή του Πανεπιστημίου Κρήτης (απόφοιτος του 1986). Συνέχισε τις σπουδές του στην Ρώμη, στις Σχολές Αρχειονομίας και Παλαιογραφίας του Βατικανού (Μεταπτυχιακά Διπλώματα 1987) και στην Βενετία (Κρατικά Αρχεία Βενετίας 1988-90). Το 2012 αναγορεύτηκε διδάκτορας της Σχολής των Επιστημών της Αγωγής του Πανεπιστημίου Κρήτης. Εργάστηκε επί σειρά ετών ως Προϊστάμενος των Γενικών Αρχείων του Κράτους στο νομό Ηρακλείου (1993-2016), στη Σχολή Επιστημών της Αγωγής του Πανεπιστημίου Κρήτης (2014-2018) και στην Πατριαρχική Ανωτάτη Εκκλησιαστική Ακαδημία Κρήτης (1993-2007, 2013-2015). Είναι επιστημονικός συνεργάτης (ερευνητής-εκδότης) της Βικελαίας Δημοτικής Βιβλιοθήκης Ηρακλείου και της Εταιρείας Κυθηραϊκών Ιστορικών Μελετών. Τα επιστημονικά ενδιαφέροντα και οι δημοσιεύσεις του έχουν ως σημείο αναφοράς την Αρχειονομία, την Παλαιογραφία και την Ιστορία της Εκπαίδευσης και την Ιστορία της Κρήτης στην ύστερη περίοδο της βενετικής (16ος-17ος αι.) και της οθωμανικής κυριαρχίας (19ος – αρχές του 20ου αι.), με έμφαση στην έρευνα των αρχειακών πηγών. Είναι μέλος επιστημονικών εταιρειών, της Αρχειονομίας (Ε.Α.Ε.), και της Ιστορίας της Εκπαίδευσης (ΕΛ.Ε.Ι.Ε.) και της Ιστορίας της Κρήτης (Ε.Κ.Ι.Μ.).